La respuesta corta: no debería, y hacemos todo lo posible para asegurarnos de que no pueda hacerlo.
Cada comando destructivo se detiene para pedirte aprobación. Los comandos de solo lectura (ver archivos, comprobar el estado de un servicio) se ejecutan automáticamente, pero cualquier acción que escriba, elimine, reinicie o instale algo te muestra el comando exacto y espera a que hagas clic en Sí. Siempre ves qué está a punto de ocurrir.
Los archivos que se reemplazan tienen copia de seguridad. Cuando la pestaña Archivos sobrescribe o elimina algo, la versión anterior se guarda en una carpeta .helm-backup/ junto a donde estaba. Puedes recuperarla desde el panel Papelera en la misma pestaña Archivos; consulta Copias de seguridad: cuál necesito para ver la guía paso a paso.
Las credenciales SSH solo viven en la memoria de tu sesión. Nunca se escriben en disco en Server Manager. Cuando cierras sesión o cierras la pestaña, las claves desaparecen de nuestro lado.
Desconectar Server Manager no toca tu servidor. Los sitios y servicios que hay en él siguen funcionando según su configuración. Server Manager es una superficie de control: no es un entorno de ejecución del que dependan tus aplicaciones.
Si Faro alguna vez propone algo irreversible (eliminar una base de datos, borrar una carpeta de despliegue sin copia de seguridad), te lo advierte de forma explícita y te lo pregunta dos veces.