A resposta curta: não deveria, e fazemos de tudo para garantir que isso não aconteça.
Todo comando destrutivo pausa para pedir sua aprovação. Comandos somente leitura (ver arquivos, verificar o status de serviços) rodam automaticamente, mas qualquer coisa que escreva, exclua, reinicie ou instale mostra o comando exato e espera você clicar em Sim. Você sempre vê o que está prestes a acontecer.
Arquivos substituídos têm backup. Quando a aba Arquivos sobrescreve ou exclui algo, a versão anterior vai para uma pasta .helm-backup/ ao lado de onde ela estava. Recupere o arquivo pelo painel Lixeira na mesma aba Arquivos — veja Backups: qual deles eu quero para o passo a passo.
As credenciais SSH ficam apenas na memória da sua sessão. Elas nunca são gravadas em disco do lado do Server Manager. Quando você sai da conta ou fecha a aba, as chaves desaparecem do nosso lado.
Desconectar o Server Manager não mexe no seu servidor. Os sites e serviços nele continuam rodando conforme configurados. O Server Manager é uma interface de controle — ele não é um ambiente de execução do qual seus aplicativos dependem.
Se o Faro algum dia propuser algo irreversível (excluir um banco de dados, apagar uma pasta de implantação sem backup), ele avisa explicitamente e pede confirmação duas vezes.